Marc Badoux a étudié le génie civil à l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich. En 1987, il obtient le titre de docteur de l'Université du Texas à Austin et a ensuite travaillé comme projeteur dans des bureaux d'ingénierie en Suisse et aux Etats-Unis. Nommé professeur assistant à l'Institut des structures de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne en 1997, il oriente son activité de recherche dans le domaine du génie parasismique et de la gestion du risque. En 2003, il rejoint les Transports Publics Lausannois pour diriger la réalisation d'une nouvelle ligne de métro.