Après avoir fréquenté les Ecoles primaires et secondaires de Delémont, Marino Widmer suit les cours du Lycée cantonal de Porrentruy où il obtient son baccalauréat scientifique. Il choisit ensuite l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne, pour y passer son diplôme d'ingénieur mathématicien puis son doctorat ès sciences techniques. Son domaine d'intérêt principal est l'application des méthodes de recherche opérationnelle aux problèmes de productique.