Jacques Pasquier obtient son doctorat en 1983 et son habilitation en informatique en 1991, après un séjour en tant que boursier du Fonds national suisse pour la recherche scientifique à l'Université Johns Hopkins à Baltimore. Collaborateur scientifique auprès du T.J. Watson Research Center d'IBM à Yorktown Heights (USA), il est ensuite nommé professeur associé puis professeur ordinaire en informatique à l'Université de Fribourg. Ses principaux domaines de recherche portent sur le génie logiciel, les hypertextes et les environnements de développement orientés objets.