Après son diplôme d'architecte EPFL (1997), Emmanuel Rey obtient - parallèlement à sa pratique professionnelle - un Diplôme postgrade européen en architecture et développement durable (1999) et un Doctorat en sciences appliquées de l'Université Catholique de Louvain (2006). En tant qu'associé du bureau Bauart Architectes et Urbanistes SA à Berne, Neuchâtel et Zurich, il est impliqué dans de multiples projets architecturaux et participe à divers travaux de recherche sur la durabilité de l'environnement construit. Il intervient par ailleurs régulièrement dans des formations académiques de 2ème et 3ème cycle.